EML4-ALK融合基因检测为什么用RNA逆转录
换言之， 全转录组测序可以被理解为天然的“WES”，但是由于基因的差异化表达，转录本覆盖会参差不齐，同时又限于实验技术（去核糖体、逆转录等）和生物学（mRNA前体）方面的影响，最终可能需要大量的数据量来提升RNA-seq对融合基因的检测灵敏度和稳定性（图4）。
另一个重要的例子是在非小细胞肺癌中检测EML4-ALK融合基因。随着越来越多的免疫疗法被开发和批准，研究人员试图用FISH来预测癌症免疫治疗的反应性。 为了扩大FISH的有效性，可以将FISH与IHC或IF结合起来，同时检测不同细胞类型的RNA和蛋白质，以更好地表征肿瘤微环境（TME）。
此外，研究人员采用包含9种已知的EML4-ALK融合转录物，和ALK RNA水平的多重逆转录聚合酶链反应，检测大规模筛选4500例非小细胞肺癌患者福尔马林固定石蜡包埋组织后报告了2%ALK阳性率。回顾性组织库研究显示，ALK基因重排非小细胞肺癌的发生约占非小细胞肺癌的3%-5%，不同种族的发生率无明显差异。
IHC20-1798肿瘤细胞ALk(+)是什么意思?
alk是间变性淋巴瘤激酶的意思，ALK是间变性淋巴瘤激酶（anaplastic lymphoma kinase ）的英文缩写，其突变形式有过量表达、与其他基因形成融合基因、发生点突等。
ALK融合基因的产物是分子量为80 kD的融合肿瘤蛋白，其转化细胞的能力已得到公认。P80NPM-ALK通过使大鼠纤维母细胞发生锚非依赖性（anchorage independent）生长，增殖率明显增高。它还可使Ba/F3细胞转变为IL3非依赖性。
ALK是英文“Anaplastic Lymphoma Kinase”的缩写，意为“非结构性淋巴瘤激酶”。在医学领域，ALK通常指的是一种基因突变类型，与多种恶性肿瘤有关，包括肺癌、淋巴瘤和神经母细胞肿瘤等。网络上经常提到ALK检测和ALK抑制剂等术语，都是与医学领域相关的话题。除了在医学领域，ALK在网络用途上也有一定的涉及。
IHC指的是免疫组化染色技术，是一种检测肿瘤组织中蛋白质表达的方法。肿瘤细胞往往会表达一些特殊的蛋白质，通过IHC技术，可以对这些蛋白质进行检测和鉴定。一般来说，IHC技术可以帮助医生诊断肿瘤、了解肿瘤的分子特性等。因此，IHC技术在肿瘤诊断、治疗和预后判断中有着重要的应用价值。
alk-1阳性指的是一种肿瘤组织学上的表现。其中，ALK是指一种蛋白质受体，而阳性则代表着肿瘤细胞在ALK受体的测试中呈现阳性反应。这种阳性反应在多种恶性肿瘤中都会出现，包括肺癌、淋巴瘤、肝癌等。ALK-1阳性的发现，对于诊断和治疗这些肿瘤都具有非常重要的意义。
判读标准是肿瘤细胞胞浆出现簇状黄棕色染色颗粒，胞膜着色则为阴性。欧盟和中国都已经批准Ventana IHC用于检测ALK重排。缺点：由于肿瘤异质性，靶蛋白的表达强度不均一。由于存在蛋白或RNA降解的可能，FFPE切片存储大于3个月的不建议Ventana IHC检测。
肿瘤融合基因精准检测
然而，融合基因发生的频率在不同的癌症中存在很大的差异，许多融合基因只存在于特定的癌症亚型。例如，非小细胞肺癌（NSCLC）中ALK融合基因阳性率为3%~7%；仅2%的ROS1融合基因存在于肺癌患者中；所有实体瘤中NTRK基因融合阳性率平均约为1%，而在某些特定肿瘤中却高达90%[1，2]。
基因检测类型： 基于患者对药物的代谢相关基因的多态性，评估不同化疗药物在患者体内代谢反应情况。
缺点：需要高质量的ALK RNA样本，临床大部分是石蜡样本，RNA降解严重，影响检出率，导致假阴性的结果，大于2年的标本不建议使用RT-PCR检测，推荐新鲜肿瘤组织样本。通过PCR引物只能检测已知的融合基因型，无法囊括所有的融合型。
首先，华大基因BGI，作为深圳华大基因科技有限公司的子公司，成立于1999年，以其在高端仪器研发和基因组研究的专长，占据国内基因检测行业首位。其服务覆盖资源保存、医学健康等多个领域，致力于提升公众生活质量。
哪些肺癌需要接受ALK融合基因检测?
对于小活检标本或者不吸烟的鳞状细胞癌患者也建议进行ALK基因检测。2009年Shaw等将ALK基因重排阳性的肺癌列为非小细胞肺癌的一个特定分子亚型。ALK融合型非小细胞肺癌不仅是基因序列层面的改变，ALK融合蛋白也是该类疾病中重要变异，因此将此类疾病统称为“ALK阳性非小细胞肺癌”。
在目前的各个指南中，ASCO则推荐所有患者均可以进行检测，其中肺腺癌与大细胞肺癌做基因检测没有争议。通常鳞癌患者虽然驱动基因突变的概率较低，但也建议进行检测。ESMO则推荐肺鳞癌患者检测，NCCN也认为肺鳞癌可以考虑做，尤其是不吸烟的肺鳞癌患者或者混合类型的肺鳞癌患者。
ALK是非小细胞肺癌（NSCLC）常见的一种驱动基因，中国NSCLC突变阳性率3%。ALK融合基因突变主要在肺腺癌里常见，一般肺鳞癌患者ALK融合基因突变概率很低。有研究说亚裔的EGFR、KRAS野生型的腺癌患者，ALK阳性比例高达30%-42%，因此如果发现EGFR和KRAS是野生型，是更有必要测下ALK基因的。
对于晚期非小细胞肺癌，推荐所有腺癌或含腺癌成分的非小细胞肺癌患者，在诊断时常规进行ALK融合基因或ALK融合蛋白检测。 对于小活检标本或者不吸烟的鳞状细胞癌患者也建议进行ALK基因检测。ALK融合基因的产物是分子量为80 kD的融合肿瘤蛋白，其转化细胞的能力已得到公认。
HE染色切片可以做ALK融合基因检测吗?
1、HE染色法是组织学、胚胎学、病理学教学与科研中最基本、使用最广泛的技术方法。脱氧核糖核酸（DNA）两条链上的磷酸基向外，带负电荷，呈酸性，很容易与带正电荷的苏木精碱性染料以离子键结合而被染色。苏木精在碱性溶液中呈蓝色，所以细胞核被染成蓝色。
2、原理：通过预先设计好的引物对样本的RNA进行逆转录来检测融合突变，简便可行，并可以确定ALK的融合型。缺点：需要高质量的ALK RNA样本，临床大部分是石蜡样本，RNA降解严重，影响检出率，导致假阴性的结果，大于2年的标本不建议使用RT-PCR检测，推荐新鲜肿瘤组织样本。
3、你这个应该是指肿瘤的基因检测吧，对于化疗药物的敏感相关基因目前还没有指南明确指出必须检测的位点，说实话，没那必要；而对于肺癌的靶向药敏感及耐药基因检测，是有指南明确指出要检测的，包括EGFR、ALK和ROS1，这些都是可以用石蜡组织做的，只要组织量足够，可以检测更多的位点。
4、对于小活检标本或者不吸烟的鳞状细胞癌患者也建议进行ALK基因检测。2009年Shaw等将ALK基因重排阳性的肺癌列为非小细胞肺癌的一个特定分子亚型。ALK融合型非小细胞肺癌不仅是基因序列层面的改变，ALK融合蛋白也是该类疾病中重要变异，因此将此类疾病统称为“ALK阳性非小细胞肺癌”。
5、因此， 精确检测融合基因不但可以协助临床医生对癌症进行诊断和分型，还能够为后续的治疗提供必要信息 。目前，融合基因诊断主要包括荧光原位杂交（FISH）、IHC等。
6、由于ALK基因融合突变在肺鳞癌中极为罕见，因此在鳞癌患者中进行ALK检测并无必要。然而，考虑到ALK总体突变频率仅为5%，对于鳞癌患者，检测ALK基因仍是一个可选方案。ALK融合突变的检测方法多样，包括FISH、Ventana IHC及RT-PCR等。
ALK基因检测是什么?
1、ALK是非小细胞肺癌（NSCLC）常见的一种驱动基因，中国NSCLC突变阳性率3%。ALK融合基因突变主要在肺腺癌里常见，一般肺鳞癌患者ALK融合基因突变概率很低。有研究说亚裔的EGFR、KRAS野生型的腺癌患者，ALK阳性比例高达30%-42%，因此如果发现EGFR和KRAS是野生型，是更有必要测下ALK基因的。
2、对于晚期非小细胞肺癌，推荐所有腺癌或含腺癌成分的非小细胞肺癌患者，在诊断时常规进行ALK融合基因或ALK融合蛋白检测。 对于小活检标本或者不吸烟的鳞状细胞癌患者也建议进行ALK基因检测。ALK融合基因的产物是分子量为80 kD的融合肿瘤蛋白，其转化细胞的能力已得到公认。
3、ALK阳性肺癌患者指的是被检测出ALK突变阳性的肺癌患者。这种突变在3—5%的非小细胞肺癌的人群中发生。乍看起来，这似乎是一个非常小的数字，但是考虑到美国每年有大量的被确诊为肺癌的患者。这个人数实际上是非常大的。这种融合基因也被在神经母细胞瘤和间变性大细胞淋巴瘤的患者中被发现。
4、所以也有说法ALK是一种钻石突变。但需要谨慎的是不是每一个劳拉替尼耐药的患者都这样。我们从图示看出患者同时存在C1156Y和L1198F突变，才造成了这种逆转。也许其他的突变位点如L1196M等和L1198F就没有这种协同效果。
5、对于小活检标本或者不吸烟的鳞状细胞癌患者也建议进行ALK基因检测。2009年Shaw等将ALK基因重排阳性的肺癌列为非小细胞肺癌的一个特定分子亚型。ALK融合型非小细胞肺癌不仅是基因序列层面的改变，ALK融合蛋白也是该类疾病中重要变异，因此将此类疾病统称为“ALK阳性非小细胞肺癌”。
6、EGFRALK是一种基因突变，它常见于非小细胞肺癌患者。EGFRALK基因突变会导致EGFR和ALK两个蛋白质合并成一个新的蛋白质，这个新蛋白质会激活一些信号通路，从而促进肺癌的生长和扩散。EGFRALK基因突变在肺癌治疗中具有重要意义。