第二代测序技术(NGS)是什么,有什么优势
1、NextGenerationSequencing（NGS）技术简介Sanger测序Sanger测序法仍然为基因测序行业内的金标准，但鸟枪测序法在技术上存在瓶颈。
2、高通量测序技术也被称作二代测序技术（Next Generation Sequencing， NGS），这是相对一代测序技术（Sanger Sequencing）而言的，同时由于高通量测序的出现使得我们能对一个物种的基因组和转录组进行全面、细致的分析成为可能，所以又被称为深度测序（deep sequencing）。
3、基因突变，NGS的最基本应用。WES可能出错的地方：探针覆盖不全、测序深度不足、测序错误、重复序列、同源序列等。基本的技术准备：Sanger测序。虽然看起来NGS老牛气了，简直啥都能干。不过老话说得好，十八般武艺样样都通，难免样样稀松。
4、NGS 检测：高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（Next-generation sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。
5、NGS是Next Generation Sequencing（下一代测序）的缩写，是指一种高通量测序技术，可以在较短时间内同时对数百万个DNA或RNA分子进行测序，用于研究基因组、转录组、表观基因组等各种生物信息学研究领域。NGS检测是利用这种技术进行检测，通常包括对个体基因型、突变、表达谱、蛋白质组等进行测序和分析。
高通量测序技术及原理介绍
1、高通量测序技术可用于分析微生物的群落结构和功能。通过测序环境样本中的微生物DNA，可以研究微生物的多样性、相互作用以及其在生态系统中的功能。
2、de novo测序也称为从头测序：其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。 外显子组测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。
3、Solexa 高通量测序法原理 Solexa 方法是利用单分子阵列测试 genotyping ，此种测序法首先是将 DNA 从细胞中提取，然后将其打断到约 100 － 200bp 大小，再将接头连接到片段上，经 PCR 扩增后制成 Library 。
小白的生信笔记(1)——高通量测序的一些基础知识
illumina公司主打产品MiSeq测序仪、HiSeq X Ten测序仪、Miseq FGx测序仪、NextSeq 500/550桌上型测序仪、MiniSeq台式测序仪等，涵盖了不同的应用场景的不同需求。
CHIRP-Seq（ Chromatin Isolation by RNA Purification ）是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量测序方法。
重复率与去重后的测序深度：高通量测序中，重复率或冗余（Duplication）指的是数据中完全相同的序列占比。若重复率是20%，那么分析时需要舍弃20%的数据。去重后，平均测序深度为600X乘以（1-20%），即480X，这才是实际可用于分析的有效深度。去重后的平均测序深度对于生信分析至关重要。
作为生物信息学的基石，它通过整合高通量技术的海量数据，为我们揭示生物医学现象的深层奥秘。生信分析的崛起，既得益于技术革新与免费资源的丰富，也在于实验研究与基础科学的交融，以及数据挖掘在其中的不可或缺。生信分析的历史，就如同基因组计划的序曲，每一次测序技术的飞跃都带来了数据的爆发式增长。
深入探索生信之路：InDel变异揭秘 在高通量测序技术的引领下，生物体的遗传变异分析如虎添翼，其中，InDel突变作为关键的遗传变异类型，为我们揭示生命密码提供了重要线索。本期我们将聚焦InDel，从概念解析到实际应用，全方位解析这一遗传变异的奥秘。
但是生物学重复之间的误差（biological variability）不能用泊松分布来描述，因为它的方差可能很大，所以要用负二项分布，加了一个额外的误差项。 负二项分布均值是方差的二次函数，方差随着均值的增加而进行二次函数形式的递增。 有三种R包（edgeR，DESeq，baySeq）实现的方法是基于负二项模型的。
基因组高通量测序的原理
1、测序方案建立在双脱氧测序法（Sanger等，1977）的基础上。为了从每一克隆插入片段两端成对地进行测序，每一个质粒模板DNA板应配备两个384孔循环测序反应板。测序反应采用Big Dye Terminator chemistry version 3．1（AppliedBiosystems）和标准M13或常用正向引物和反向引物。
2、高通量测序技术的原理基于DNA或RNA的扩增、测序和分析。下面是一般高通量测序技术的基本步骤和原理介绍：样本制备：首先需要从待测样本（如细胞、组织或体液）中提取DNA或RNA，并进行质量和浓度检测。样本处理的质量和纯度对测序结果的准确性和可靠性至关重要。
3、Illumina Genome AnalyzerIIx是一种基于单分子簇的边合成边测序技术，基于专有的可逆终止化学反应原理。测序时将基因组DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面（即Flow cell），这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后，在Flow cell上形成了数以亿计Cluster，每个Cluster是具有数千份相同模板的单分子簇。
4、BigDye试剂的创新在于，它将荧光标记引入到碱基上，使得在最后的分析阶段，通过颜色差异轻松识别出DNA链末端的碱基。在实际测序中，精心设计的引物引导聚合反应，荧光标记的ddNTP与模板互补配对，生成一系列带有荧光标签的DNA片段。
5、外显子组测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究已知基因的SNP、Indel等具有较大的优势，但无法研究基因组结构变异如染色体断裂重组等。 Magenomics研究的对象是整个微生物群落。
无创产前基因检测技术与唐筛:准确率的对比与选择
1、准确率高无创产前基因检测技术通过高通量测序，直接分析游离在母亲静脉血中的游离DNA（其中10%为胎儿游离DNA），所以准确率极高（超过99%）。生化指标唐筛是检测母亲静脉血中几种蛋白的生化指标，由于蛋白指标与染色体数目异常并无直接关联，所以唐筛准确率有限（约70%）。
2、无创产前基因检测准确率99 无创产前基因检测通过采集孕妇外周血、提取胎儿细胞游离DNA，采用新一代高通量测序技术并结合生物信息分析，判断胎儿是否患有21-三体综合征（唐氏综合征）、18-三体综合征（爱德华氏综合征）、13-三体综合征（帕陶氏综合征），准确率高达99%。
3、而无创性产前基因检测，如NIPT（Non-Invasive Prenatal Testing），则采用了更为先进的基因测序技术。它直接检测胎儿的DNA，提供高达99%的准确率，能够直接检测出唐氏综合症等染色体异常。然而，尽管无创性检测结果准确，如果需要确诊，仍需进一步的穿刺或羊水穿刺检查，这在一定程度上增加了潜在的侵入性风险。
4、唐筛分为早唐和中唐，早唐一般在12周左右就可以做了，而中唐一般是在18周左右可以做，不过早唐和中唐的结果并不是百分百准确的，其准确率应该在60%-70%之间。无创DNA，这是一项先进的医学手段，主要通过抽取孕妈的静脉血，对静脉血中所融有的胎宝的游离状DNA进行检测，一般在16周左右就可以做了。
5、两者都是产检中对唐氏综合症患儿机率的检查方式，无创的准确率达99%，而一般的唐氏筛查方式是通过母体基因检测结合年龄等情况对唐氏患儿的机率评估，准确率50%左右，所以，从结果上来看自然是无创好。